Los monasterios, masculinos y femeninos, son conocidos en la historia ya a partir de los siglos II y III, aunque la información más detallada acerca de su vida está perdida. A partir del siglo IV el monacato adquirió una importancia especial ya que en esa
época los cristianos no estaban ya amenazados por torturas y muerte.
En el año de 1473 Dª Catalina Enríquez de Ribera segunda mujer de Juan Manríquez, II Conde de Castañeda y padres ambos del primer marques de Aguilar Garci Fernández Manrique, expone el deseo de edificar en Camesa un eremitorio para monjas de la Orden de Santa Clara con la herencia que su hija Juana dejara para dicha fundación y que constaba de 40.000 maravedíes, compuesto por
“iglesia, campanario, claustro y huerta”.
El Papa de sayal franciscano Sixto IV, encomienda al Arzobispo de Burgos D. Luís de Acuña fundar tal eremitorio y absolver a las monjas que iban a habitarlo por la excomunión, sentencias o mala fama en la que habían incurrido al salir de otro convento sin licencia superior con el ánimo de practicar una mayor observancia.
Dada la pobreza del monasterio, el Obispo mandó que no hubiera en él más de siete monjas profesas. Dichas monjas eran: Doña Catalina de Guzmán, Abadesa, procedente del convento de Santa Clara de Zamora; Elvira de Espinosa; Juana de Medina; María González de Fresneda, Elvira de Medina; María de Santa Cruz; María de Espinosa y Elvira de Briviesca.
Como consecuencia de su ubicación, al lado del río, el lugar era solitario y muy húmedo. Las filtraciones de agua del riachuelo se extendían por las dependencias de la casa y las monjas padecían frecuentes reumas, como aparece en algún manuscrito el lugar era “desierto, húmedo y con daños para la salud”.
Un día D. Garcí Fdez. Manrique, primer marqués de Aguilar y Canciller Mayor de Castilla descendiente de los fundadores, propone la posibilidad del traslado de las monjas desde Camesa al convento franciscano de Aguilar. El Monasterio de Aguilar había sido fundado
para los franciscanos por D. Juan Manrique Conde de Castañeda y Señor de Aguilar.
Se hace la petición al Sumo pontífice Sixto IV, que encomienda la verificación de motivos y la ejecución de traslado, al Abad de los Premostratenses de Santa María la Real, que entonces era D. Juan, duque de Colmenares. Asimismo el Papa ordena que el eremitorio de Camesa no sea destinado a usos deshonestos y que en él además la Madre Abadesa y las monjas hagan decir Misa alguna vez.
El Abad de Santa María, en presencia de los franciscanos claustrales dio posesión del monasterio de S. Francisco a la comunicad de Clarisas, el 15 de octubre de 1485, convirtiéndose desde entonces en monasterio de Santa Clara de Aguilar de Campoo. Los religiosos se fueron entonces al convento de San Bernardino de Herrera de Pisuerga.
A principios del siglo XVI gobierna la comunidad Doña Ana Manrique, hija del primer marqués de Aguilar D. Garcí y de Doña Brazayda.
Actualmente este cenobio sigue habitado por la orden.
